Осушенные пчелами от остатков меда перговые соты, предназначенные для переработки, необходимо правильно сохранить, чтобы не ухудшить качество ценного белкового корма. 

Помещение склада должно быть сухим, без посторонних запахов, например керосина, бензина и других веществ, оптимальная температура 8—10 °С, относительная влажность не более 70 %. Склад должен быть недоступным для грызунов, пчел, насекомых-вредителей. 
При хранении пергу нельзя промораживать, так как питательная ценность ее при этом снижается. Если возникает опасность плесневения перги, то ее надо в сотах подсушить до влажности 14-15 %.

Чтобы предохранить соты от поражения молью, в помещении ставят посуду (стаканы, стеклянные банки) с раствором уксусной кислоты (не менее 75 %). На 1 м3 помещения требуется 5—10 г кислоты. Следует учитывать, что пары кислоты вредны для органов дыхания и глаз, она вызывает ожоги кожи. При попадании кислоты на кожу обожженные места надо немедленно хорошо промыть водой. 

Если нет необходимого складского помещения, то перговые соты до наступления похолодания хранят над гнездами с пчелами в корпусах. Можно также ставить корпуса с перговыми сотами в колонки на отъемное дно или пустой улей. На соты под крышу ставят открытую посуду с уксусной кислотой. Все щели замазывают глиной.

Перед отправкой на перерабатывающий пункт соты с пергой вырезают из рамок, удаляют проволоку. Отделяемые куски складывают в жестяную тару, не уплотняя. На тару приклеивают ярлык или прикрепляют бирку, на которых указывают поставщика, его адрес, массу тары, массу брутто и нетто, цвет сотов, год и месяц, когда перга собрана, примерное ботаническое происхождение. Мешки как тару использовать не рекомендуется.