Высушенную цветочную пыльцу хранят не более года в посуде, пригодной для пищевых продуктов, при температуре от 0 до 14 °С. При правильном хранении пыльца через 6 мес. теряет свои целебные свойства на 20-25 %, через год — на 40-50 %, а через 2 года утрачивает их полностью. 
Фасуют и упаковывают пыльцу в полиэтиленовые мешки массой до 25 кг.

Мешки герметически закрывают горячим свариванием. Хорошо очищенную высушенную пыльцу можно упаковать в мешки с прослойкой из фольги. Их тщательно запечатывают, а для лучшего хранения и транспортировки помещают в цилиндрические контейнеры и герметически закрывают. 
Помещение для хранения должно быть чистым, без резких посторонних запахов, сухим, недоступным для мышевидных грызунов и других вредителей. Установлено, что чем ниже температура хранения (в пределах рекомендуемой), меньше доступ кислорода и ниже влажность среды, тем дольше сохраняются питательная ценность пыльцы и ее биологическая активность.

Свежую (не высушенную) пыльцу можно консервировать зрелым медом или сахарной пудрой. Для этой цели тщательно перемешивают 2 части меда с 1 частью пыльцы или к 1 части пыльцы добавляют 1 часть сахарной пудры. Консервированная таким способом цветочная пыльца хранится при комнатной температуре. 

В публикациях Международной ассоциации по пчеловодству указано, что при воздействии на пыльцу низких температур в течение 24-48 ч в пыльце перед помещением ее на хранение погибают яйца и личинки всех насекомых и клещей. Этот способ широко применяют на большинстве предприятий, перерабатывающих пыльцу.