Свежесобранная с помощью пыльцеуловителя пыльца содержит 20—30% воды. Полученную пыльцу сушат в сушильных шкафах при температуре 38—41 °С до влажности не более 1,5%. Нельзя допускать нагревания воздуха в шкафах выше 45 °С. Это приводит к резкому снижению питательной ценности пыльцы из-за разрушения отдельных гормонов, ферментов и витаминов.
В сушильном шкафу пыльцу рассыпают на выдвижных решетках-лотках слоем не более 1 — 1,5 см. Ежедневно пыльцу периодически перемешивают. Лотки с более влажной пыльцой ставят в верхней части шкафа, чтобы испаряемая влага не насыщала водой уже подсохшую пыльцу. Продолжительность сушки единовременно собранной пыльцы зависит от её первоначальной влажности: при 30-35 % — около 72 ч; при 20-25 % — 18-20 ч.
Под прямыми солнечными лучами пыльцу сушить нельзя, так как это не гарантирует сохранение ее питательных и биологических свойств. Если сушат пыльцу на открытом воздухе в тени, то принимают меры против заражения ее вредителями (большой восковой молью и клещом кариоглифусом, который превращает пыльцу в мельчайший порошок), используя марлевый изолятор.
В полевых условиях конец сушки определяют органолептически: обножка ощущается в пальцах как отдельные твердые комочки, раздавливаемые с трудом. Если столовую ложку высушенной пыльцы сыпать на фанеру с высоты 20—25 см, то при этом слышится звонкий, как бы металлический звук падающих зерен обножек. В лаборатории влажность пыльцы определяют с помощью влагомеров.
В зависимости от способа отбора цветочной пыльцы в ней остается некоторое количество посторонних примесей (ножки и крылья пчел, пыль, восковые крошки и т. п.). Для отделения пыльцы от этих примесей применяют воздушную струю, в которой ее провеивают. В результате более легкие посторонние примеси полностью отделяются. Для образования струи воздуха используют бытовой вентилятор, пылесос со шлангом, подключенным к противоположному концу (на напорный трубопровод).
Небольшое количество пыльцы, получаемой в условиях любительских пасек, можно обработать феном. Пыльцу перемешивают, направив на нее струю воздуха. Все примеси легко сдуваются с поверхности обножек.
После этого пыльцу просеивают через сито из металлической сетки с ячейками диаметром 1,5—2 мм для удаления мелких примесей и распавшихся обножек.
В условиях крупного производства, на предприятиях, перерабатывающих цветочную пыльцу, для её очистки используют аэродинамическую трубу — устройство, представляющее собой медленно вращающийся полый цилиндр. Пыльца, содержащая 8% влаги (предварительно высушенная), сплошным потоком поступает в отверстие с одного конца цилиндра. С противоположного его конца поступает поток воздуха, обеспечивающий значительную тягу, благодаря которой пыль и мелкие частицы через выходное отверстие удаляются из цилиндра. В середине цилиндра имеется отверстие, закрытое ситом (диаметр отверстий 2 мм), отделяющим наиболее мелкие распавшиеся пыльцевые зерна. Крупные целые обножки попадают в сборник перед вентилятором.
